교회 시설 세금 추징에 관한 조세심판원의 최근 심판 사례를 보면 면세를 인정받은 경우가 거의 없어 관련 사례들과 비슷한 상황에 놓인 교회들에 주의가 요망된다. 조세심판원은 과세관청으로부터 독립된 납세자 권리구제기관(국무총리실 산하)으로, 납세자가 부당한 조세 처분을 받았을 때 심판을 청구해 바로잡을 수 있다.

10일 조세심판원에 따르면 한 교회는 2007년 종교 목적(교회 신축)으로 건물과 부지를 샀지만 유예기간(3년)이 지나도록 신축을 하지 않아 지난해 지방자치단체로부터 부동산 취득세 및 등록세 추징 통보를 받았다. 교회는 지자체에 이의신청했다가 거부된 뒤 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 교회는 “교통영향평가를 받던 중 인근 주민들의 극심한 반대로 건축허가를 받기가 사실상 불가능했다”며 “설득 노력은 계속했으나 주민 반대라는 불가항력적인 사유로 착공을 할 수 없었다”고 주장했다.

그러나 조세심판원은 “주민 반대가 어느 정도 예상 가능한 상황에서 부동산을 취득한 것이므로 정상적인 노력으로도 해결할 수 없는 특별한 사정이 있었던 것으로 보기 어렵다”며 세금 추징이 정당하다고 결론내렸다.

종교용 시설에서 유료 납골당을 운영했다는 이유로 세금을 추징 받은 교회도 조세심판을 청구했으나 기각됐다. 이 교회는 2009년 신축한 건물에서 운영해온 납골당에 대해 “불특정 다수가 아닌 교우 가족만을 대상으로 분양금이나 사용료를 받지 않고 연간 관리비만 받기 때문에 수익사업이 아니고 종교시설에 해당한다”고 강조했다. 또 예배실이 있는 옆 건물까지 납골당 시설의 일부라는 예단 하에 과세 대상이 된 것도 부당하다고 주장했다.

이에 대해 조세심판원은 “납골당 홍보물을 보면 관리비뿐 아니라 영구사용료 및 예약금을 납부하도록 돼 있어 시설 이용대상을 한정했다 하더라도 수익사업에 사용된 것으로 보는 게 맞다”고 판단했다. 또 납골당 옆 건물에 대해서도 “건물 내 예배당은 납골당 관련 의식을 행하기 위한 곳으로 보인다”며 지자체의 손을 들어줬다.

교회는 교육관이라 주장했으나 지자체에서 주택으로 판단해 세금을 추징한 사안도 조세심판에서 결과가 뒤집히지 않았다. 교회가 교육관 내 선교사 예배처소라고 밝힌 공간에 대해 조세심판원은 “영외 주택은 종교단체 목적수행의 중추적 지위에 있는 자가 사용하는 주택에 한해 종교용 시설로 인정되므로 선교사 사택은 종교용으로 사용한다고 볼 수 없다”고 판단했다.